招标公告 绵阳市疾病预防控制中心致病菌全基因组二代测序和宏基因组测序服务竞争性谈判采购公告

参数性质

序号

技术参数与性能指标

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由于不能事先确定样本总数，以最终实际完成测序样本数量进行结算， 预计 完成 ****** 份样本的宏基因组测序 ， 每份样本 /菌株测序价格不超 过 ********* 元 ，以实际测序份数进行结算 。

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宏基因组和样本接收：采购人提供原始样品，供应商配备专人负责样品的收集及运输，根据采购人需求实时收取样品，样品均需采用干冰进行运输，保障实验室样品的质量不因运输过程而受损。

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宏基因组和测序平台和策略：均利用二代测序平台，能完成双端 ***="color: rgb(*** *** ***); line-height: ***5***%; font-family: "Times New Roman"; font-size: ***2pt; mso-fareast-font-family: 等线;"> PE***5*** 测序及以上测序，为确保测序数据的稳定性，供应商应使用固定型号的测序仪器进行测序。

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宏基因组测序质量：碱基质量均达到 ***="color: rgb(*** *** ***); line-height: ***5***%; font-family: "Times New Roman"; font-size: ***2pt; mso-fareast-font-family: 等线;"> Q3*** （ ***="color: rgb(*** *** ***); line-height: ***5***%; font-family: "Times New Roman"; font-size: ***2pt; mso-fareast-font-family: 等线;"> ***% ） ***="color: rgb(*** *** ***); line-height: ***5***%; font-family: "Times New Roman"; font-size: ***2pt; mso-fareast-font-family: 等线;"> ≥***5% ；（提供同类项目报告复印件，报告内容包括碱基质量 ***="color: rgb(*** *** ***); line-height: ***5***%; font-family: "Times New Roman"; font-size: ***2pt; mso-fareast-font-family: 等线;"> Q3*** ，并加盖供应商鲜章）

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宏基因组测序数据统计与质控：均需进行原始序列统计，质控后序列统计，去宿主后序列统计，每份样品数据产出统计。

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宏基因组交付数据：均需包括原始数据（ ***="color: rgb(*** *** ***); line-height: ***5***%; font-family: "Times New Roman"; font-size: ***2pt; mso-fareast-font-family: 等线;"> rawdata ，数据格式为 ***="color: rgb(*** *** ***); line-height: ***5***%; font-family: "Times New Roman"; font-size: ***2pt; mso-fareast-font-family: 等线;"> fastq ），质控后数据（ ***="color: rgb(*** *** ***); line-height: ***5***%; font-family: "Times New Roman"; font-size: ***2pt; mso-fareast-font-family: 等线;"> cleandata ，数据格式为 ***="color: rgb(*** *** ***); line-height: ***5***%; font-family: "Times New Roman"; font-size: ***2pt; mso-fareast-font-family: 等线;"> fastq ）和拼接后数据（数据格式为 ***="color: rgb(*** *** ***); line-height: ***5***%; font-family: "Times New Roman"; font-size: ***2pt; mso-fareast-font-family: 等线;"> fasta ）。

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宏基因组宿主去除：均需将质控后数据（ ***="color: rgb(*** *** ***); line-height: ***5***%; font-family: "Times New Roman"; font-size: ***2pt; mso-fareast-font-family: 等线;"> cleandata ）与宿主基因组比对去除宿主的序列信息，提供去宿主序列信息后的有效数据。

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宏基因组质控要求：每批样品收到后应立即开始 ***="color: rgb(*** *** ***); line-height: ***5***%; font-family: "Times New Roman"; font-size: ***2pt; mso-fareast-font-family: 等线;"> DNA 提取、质量检测等相应工作，使用电泳方法进行核酸样品完整性检测，使用 ***="color: rgb(*** *** ***); line-height: ***5***%; font-family: "Times New Roman"; font-size: ***2pt; mso-fareast-font-family: 等线;"> Qubit 进行样品浓度检测； ***="color: rgb(*** *** ***); line-height: ***5***%; font-family: "Times New Roman"; font-size: ***2pt; mso-fareast-font-family: 等线;"> DNA 提取失败的样品，供应商不收取费用；样品 ***="color: rgb(*** *** ***); line-height: ***5***%; font-family: "Times New Roman"; font-size: ***2pt; mso-fareast-font-family: 等线;"> DNA 质量检测结果，浓度或总量满足建库条件，无严重 ***="color: rgb(*** *** ***); line-height: ***5***%; font-family: "Times New Roman"; font-size: ***2pt; mso-fareast-font-family: 等线;"> RNA 污染、无明显降解的样品，均为合格样品，非特殊情况，不得要求重新送样；上机测序前，对构建好的文库进行质量检测。（提供同类项目报告复印件，报告内容包括样品浓度检测报告和文库质量检测报告，并加盖供应商鲜章）

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供应商提供核酸提取、文库制备、测序、数据 处理 的全流程服务。

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（ ***）保密要求：供应商应遵守国家法律法规，高度重视安全保密工作，供应商需提供承诺函（提供承诺函原件加盖供应商公章，格式自拟），承诺函内容应包含下述内容：不透露采购人及采购人系统中的数据信息；不得将样本及与样本有关信息转交于第三方及境外组织等。

（ 2）数据的交付与保存：供应商成交后，需在接收到样本 ***="color: rgb(*** *** ***); line-height: ***5***%; font-family: "Times New Roman"; font-size: ***2pt; mso-fareast-font-family: 等线;"> 3*** 个工作日内完成该批次所有样本检测与交付。提供每份样本收费明细，以此作为付款凭证。提供 ***="color: rgb(*** *** ***); line-height: ***5***%; font-family: "Times New Roman"; font-size: ***2pt; mso-fareast-font-family: 等线;"> 3 个月样本与核酸保存服务，根据采购人需求，在协商周期内返还剩余样本及核酸；下机数据同时采用移动硬盘和网络下载的方式进行交付，网络下载方式数据下载期限不低于 ***="color: rgb(*** *** ***); line-height: ***5***%; font-family: "Times New Roman"; font-size: ***2pt; mso-fareast-font-family: 等线;"> 3*** 天；测序下机后的原始数据供应商需保存三年。

（ 3）项目验收

a.出具专业报告，样本浓度和文库浓度检测报告；下机原始数据及碱基评估报告；结果分析报告。

b.数据量要求

宏基因组测序，原始数据量（碱基数） ***="color: rgb(*** *** ***); line-height: ***5***%; font-family: "Times New Roman"; font-size: ***2pt; mso-fareast-font-family: 等线;"> ≥***G ，单个样本数据量（ ***="color: rgb(*** *** ***); line-height: ***5***%; font-family: "Times New Roman"; font-size: ***2pt; mso-fareast-font-family: 等线;"> reads 数） ***="color: rgb(*** *** ***); line-height: ***5***%; font-family: "Times New Roman"; font-size: ***2pt; mso-fareast-font-family: 等线;"> ≥2***M ，碱基数据质量值 ***="color: rgb(*** *** ***); line-height: ***5***%; font-family: "Times New Roman"; font-size: ***2pt; mso-fareast-font-family: 等线;"> Q3*** 比例 ***="color: rgb(*** *** ***); line-height: ***5***%; font-family: "Times New Roman"; font-size: ***2pt; mso-fareast-font-family: 等线;"> ≥***5% 。

对符合建库要求的样品，如测序失败，或测序数据量未达标，供应商需提供加测或者重测。对 ***="color: rgb(*** *** ***); line-height: ***5***%; font-family: "Times New Roman"; font-size: ***2pt; mso-fareast-font-family: 等线;"> qPCR 已判定为阳性的样本，如测序后未获得相应序列信息，亦视为测序失败。

***="color: rgb(*** *** ***); line-height: ***5***%; font-family: 宋体; font-size: ***2pt; mso-bidi-font-family: "Times New Roman";"> （ ***="color: rgb(*** *** ***); line-height: ***5***%; font-family: "Times New Roman"; font-size: ***2pt; mso-fareast-font-family: 等线;"> *** ***="color: rgb(*** *** ***); line-height: ***5***%; font-family: 宋体; font-size: ***2pt; mso-bidi-font-family: "Times New Roman";"> ）技术指导： 供应商应根据采购人要求，到采购人指定地点进行技术支持。

***="color: rgb(*** *** ***); line-height: ***5***%; font-family: 宋体; font-size: ***2pt; mso-bidi-font-family: "Times New Roman";"> （ ***="color: rgb(*** *** ***); line-height: ***5***%; font-family: "Times New Roman"; font-size: ***2pt; mso-fareast-font-family: 等线;"> 5 ***="color: rgb(*** *** ***); line-height: ***5***%; font-family: 宋体; font-size: ***2pt; mso-bidi-font-family: "Times New Roman";"> ） 运输：供应商负责样本运输，运输工具需具备冷链运输资质；运输过程中造成的损失、污染相关等问题，后果均由供应商承担。运输费用由供应商承担。

参数性质

序号

技术参数与性能指标

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由于不能事先确定样本总数，以最终实际完成测序样本数量进行结算，至少需完成 3****** 份样本 /菌株的测序，每份样本/菌株测序价格不超 过 *** *** ***元 ，以实际测序份数进行结算 。

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样品接收：采购人提供菌 株 （ 高致病性菌株提供灭活菌株或核酸 ） ，供应商配备专人负责菌株 /样品的收集及运输，根据采购人需求实时收取样品，菌株/样品需采用干冰进行运输，保障实验室样品的质量不因运输过程而受损。

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检测设备技术：供应商应使用固定型号的测序仪器进行测序，能完成双端 ***5***bp及以上测序，为确保测序数据的稳定性，供应商应使用固定型号的测序仪器进行测序。

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数据要求：

PE***5***（双端测序，单向读长***5***bp）及以上测序。交付数据包括原始数据（rawdata）和拼接后数据（cleandata），原始数据格式为fastq，原始数据量（碱基数）≥***5G，Q2***高质量数据量（Clean data）≥***G，碱基数据质量值Q3***比例≥***5%，单碱基错误率低于十万分之一。拼接后数据格式为fasta。拼接后数据Scaffold数量<*********个，Contig数量<2******个。覆盖度要求碱基类型分布均匀，无GC分离；基因组******×覆盖度≥95%，基因区覆盖度≥9***%，平均覆盖深度≥*********×。

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质控要求：

每批样品收到后应立即开始核酸提取、质量检测等相应工作，进行样品浓度检测和核酸样品完整性检测，核酸样品自收到之日起，于 3日内提供当批样品质量检测报告（份数按采购人要求提供）。核酸样品质量检测结果：浓度不低于5ng/ul、总量不低于*********ng，无严重RNA污染、无明显降解的样品，均为合格样品，非特殊情况，不得要求重新送样。核酸提取失败的灭活菌株样品，供应商需加测或者重测。

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质控要求：文库长度 25***-35***bp，对构建好的文库进行质量和产量的检测。

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每批样品自质量检测合格采购人回复之日起， ******个工作日内交付数据。结果（包含原始数据、拼接后数据）遵照生物安全和信息保密相关规定按采购人要求发往指定服务地点。使用方有权要求供应商提供本服务检测过程中的任何相关数据。

如遇样品质量检测合格，测序污染、失败等情况，供应商需立即启动加测，并于 2***日内交付全部加测样品的数据，如超过2***日，则该批次样品不另外收取费用。

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其他服务要求

（ ***）供应商需按照《中华人民共和国人类遗传资源管理条例》相关要求履行服务，保证信息安全， 服务商须在投标文件中提供保密承诺函原件加盖供应商公章（格式自拟） ，承诺函内容应包含下述内容：不可将样本及与样本有关信息透露给第三方及境外组织，保证生物安全。样品检测过程中造成的损失、污染、生物危害相关等问题，后果均由服务商承担。

（ 2）供应商提供的实验室需提供无任何外资、合资成份及外国员工，并保证今后不接受任何外资、合资加入。以上情况后果均由服务商承担。

（ 3）供应商根据服务方需求，提供现场技术服务。

（ ***）运输：服务商负责样本运输，运输工具必须具备冷链运输的资质；运输过程中造成的损失、污染相关等问题，后果均由服务商承担。运输费用由服务商承担。 （提供承诺函原件加盖供应商公章，格式自拟）。

（ 5）服务地点：为方便样本运输，供应商检测地点应为国内大中城市